どのように感染するのかは正確にはわかっていませんが、口から感染すると考えられています。衛生状態が悪い途上国や日本でも戦中・戦後などには川の水や井戸水などから感染した可能性がいわれていますが、現在の水道水で感染する可能性はありません。
特にピロリ菌に感染しやすいのは抵抗力が出来上がっていない5～6歳までの乳幼児期に感染しやすいと考えられています。感染した人と接する機会が多いほど感染する可能性があり、特に親が感染しているとこどもの感染率が高くなります。

2種類の抗生物質と胃酸をおさえる胃薬を朝・夕の1日２回１週間しっかりと続けて飲むことで約90％の患者さんは除菌できます（一次除菌）。

１回目で除菌できなかった場合は、抗生物質を変えて２回目の除菌を行います（二次除菌）。

除菌判定は、お薬を飲み終わって１ヶ月以降に尿素呼気テストなどで判定を行います。